Si trova nella valle dei calanchi, un'area situata tra il lago di Bolsena ad ovest e la valle del Tevere ad est, nel comune di Bagnoregio. È costituita da due valli principali: il Fossato del Rio Torbido e il Fossato del Rio Chiaro. In origine questi luoghi dovevano essere più dolci e accessibili ed erano attraversati da un'antica strada che collegava la valle del Tevere al Lago di Bolsena.

La morfologia di quest'area è stata provocata dall'erosione e dalle frane. Il territorio è costituito da due formazioni distinte per cronologia e tipo. Quella più antica è quella argillosa, di origine marina e costituisce lo strato di base, particolarmente soggetto all'erosione. Gli strati superiori sono invece formati da materiale tufaceo e lavico. La veloce erosione è dovuta all'opera dei torrenti, agli agenti atmosferici, ma anche al disboscamento. Abitata da sole sette persone (al 2016)[senza fonte] e situata in posizione isolata, Civita è raggiungibile solo attraverso un ponte pedonale in cemento armato costruito nel 1965[1]. Il ponte può essere percorso soltanto a piedi, ma recentemente il comune di Bagnoregio, venendo incontro alle esigenze di chi vive o lavora in questo luogo, ha emesso una circolare in cui dichiara che, in determinati orari, residenti e persone autorizzate possono attraversare il ponte a bordo di cicli e motocicli. La causa del suo isolamento è la progressiva erosione della collina e della vallata circostante, che ha dato vita alle tipiche forme dei calanchi e che continua ancora oggi, rischiando di far scomparire la frazione, per questo chiamata anche "la città che muore" o, più raramente, "il paese che muore".